Гамиланцы стоят на грани исчезновения. Их родная планета стремительно разрушается, и королеве Деслер приходится идти на хитрость. Она притворяется покорной власти Галмана, чтобы тайно захватить контроль над этой страной-близнецом Искандар. Цель одна — найти новое пристанище для своего народа. Но планы рушатся в тот момент, когда гамиланцы начинают переселение. Непонятная колоссальная сила атакует Искандар и полностью искажает его облик, оставляя выживших без дома.

На Земле тем временем царит праздник. Космический линкор Ямато и его экипаж считаются героями. На борт корабля зачисляется новая смена новобранцев, а также присоединяются два новых судна поддержки под началом Юки Мори и Сиро Санады. Однако среди команды не все довольны решениями капитана Сусуму Кодая. Его прошлые шаги вызывают споры внутри коллектива, создавая напряжение перед новыми испытаниями.

Во время шестимесячной учебной миссии Ямато отправляется на дипломатическую встречу с гамиланцами. Там команда узнает о катастрофе, постигшей Искандар. Несмотря на прямые приказы и политические риски, Кодай принимает самостоятельное решение. Он сворачивает флот к месту трагедии, чтобы помочь беженцам, игнорируя любые запреты и ставя под удар свою репутацию и судьбу корабля.