Сатоши с Пикачу доходят до леса Окойя, куда посторонним вход закрыт. Внутри они встречают мальчика по имени Коко, который вырос среди покемонов и считает себя одним из них. Его воспитал Зарудо, мифический покемон, который когда-то подобрал младенца и вырастил как собственного сына.

Коко живёт по правилам леса, не зная человеческого мира. Сатоши пытается показать ему, что можно быть частью обоих миров, но лес Окойя хранит свои тайны. Зарудо не доверяет людям, и это недоверие имеет причины. Вскоре выясняется, что лесу грозит опасность, и Коко придётся выбрать, кем он хочет быть.

Фильм показывает, как мальчик, выросший вне человеческого общества, впервые сталкивается с его сложностями. Для Коко покемоны — семья, а люди — чужаки. Но встреча с Сатоши меняет его взгляд на вещи. Защитить лес и своих близких можно только поняв, что сила не в принадлежности к виду, а в дружбе.