Дореми Харукадзэ и её подруги снова обычные школьницы. Волшебная лавка МАХО-До пустует, дверь в мир ведьм закрыта, а Мадзёрика и феи остались по ту сторону. Девочки смирились с этим, но Королева ведьм наблюдает за ними сквозь хрустальный шар и решает вмешаться.

Под предлогом возвращения потерянного фена Мадзёрики Дореми и остальные снова оказываются на пороге Мадзёкая. Вместо ожидаемой встречи они попадают в королевский сад, где одна из роз преподносит им сюрприз — младенца. Королева ставит условие: девочкам предстоит растить ребёнка целый год. Взамен они получают волшебную силу, которая оказывается мощнее прежней.

Новые заботы требуют от Дореми и подруг терпения и смекалки. Малышка не говорит, не объясняет, чего хочет, а магия не всегда решает проблемы. Второй сезон продолжает историю о взрослении, но теперь героини учатся ответственности не только через волшебство, но и через повседневные хлопоты, которые оно не отменяет.