Кайдзю-герлз продолжают нести службу в организации GIRLS. Агира, Миклас и Уиндом уже освоились и стали полноценными сотрудницами. Жизнь у них насыщенная, но спокойная, пока не приходит известие о новой разновидности Теней, которые несут беды и разрушения.

Параллельно с этим начинаются странные перемены с ещё одной участницей GIRLS, Алиен Гатс. Что именно с ней происходит, пока не ясно, но это явно не сулит ничего хорошего.

Второй сезон продолжает комедийную линию про девушек, в которых воплотились души гигантских монстров. Теперь им предстоит столкнуться с новой угрозой и разобраться в том, что случилось с их товарищем.