Адмирал Зеро когда-то командовал флотом в Великой Галактической войне. Теперь он водит буксир и делает вид, что война кончилась. Земля под властью механоидов, перемирие держится на честном слове, и от старого адмирала осталась только должность капитана гражданского судна. Семью он потерял, но службу не бросил.

В одном из рейсов буксир Зеро перехватывает корабль, который зовут Тенью Смерти. Бой короткий и безнадёжный. Зеро проигрывает, и вскоре командование ставит ему задачу: найти и захватить капитана Харлока. Того самого, чья тень его и раздавила. Легендарный пират, наводящий страх на всю Галактику, оказывается нападавшим.

Зеро получает под команду старый линкор «Кария» и смешанный экипаж из людей и механоидов. Бывший враг теперь в одном строю с ним. Под флагом Независимого Флота он выходит в погоню за Харлоком, и маршрут этой погони пролегает через всю Вселенную.Старый адмирал Зеро теперь служит на буксире. Галактическая война с механоидами закончилась перемирием, Земля под их контролем, а от былого флота у Зеро осталась только выправка и память о погибшей семье. Он всё ещё охраняет планету, как умеет.

На маршруте буксир атакует пиратский корабль, известный как Тень Смерти. Зеро принимает бой и проигрывает. Вскоре выясняется: за нападением стоит легендарный капитан Харлок, и командование поручает Зеро захватить его.

Зеро поднимает флаг Независимого Флота на своём старом линкоре «Кария». В команде — люди и механоиды, вчерашние враги.